Studoval Institut tvůrčí fotografie Opava. Svého otce Michael Kratochvíl (narozen 1967) viděl poprvé v devatenácti letech. Světově uznávaný fotograf Antonín Kratochvíl totiž v roce 1967 emigroval z tehdejšího Československa, a to ještě před synovým příchodem na svět.
Před setkáním s otcem Michael Kratochvíl neuvažoval o tom, že by se stal fotografem. Nejvíc ho lákalo povolání archeologa. Několik let dokonce brigádničil na vykopávkách pro Muzeum hl. města Prahy. Za totality mj. pracoval jako posunovač vlaků, v nichž prý kradl toaletní papír.
Setkání s tátou, o němž mu doma tvrdili, že je mrtvý, bylo pro Michaela Kratochvíla takřka osudové. Jak sám v médiích připustil, „život trávil poflakováním“. Pak si prošel vojnou a po Sametové revoluci 1989 spolu sedm let jezdili fotit do válečných zón a fotografické řemeslo se mu vrylo pod kůži.
Kromě reportážní fotografie se Michael Kratochvíl věnuje také reklamní a portrétní. Za sebou má řadu focení na zakázku jak v Česku, tak v zahraničí. Navíc se ve svém ateliéru v pražském Karlíně pustil do výuky práce se světlem.
Fotografem nebyl jen otec Michaela Kratochvíla Antonín, držitel řady cen, mj. čtyř ocenění World Press Photo, ale též jeho dědeček.
Příběh tří generací fotografů, a to prostřednictvím Michaela Kratochvíla, spojuje celovečerní dokument České televize režisérky Andrey Sedláčkové Můj otec Antonín Kratochvíl.