S rodiči Viktor Kožený v roce 1979 emigroval do Německa a později odešel do USA, kde vystudoval ekonomii na Harvardské Univerzitě. Půl roku pak pracoval v Londýně jako investiční bankéř u firmy Flemmings.
V roce 1991 se Viktor Kožený vrátil do Prahy a stal se vlivnou osobou v probíhající kupónové privatizaci. Občané mohli získávat za kupóny přímo akcie privatizovaných podniků nebo předat kupóny investičním privatizačním fondům.
Pro své Harvardské investiční fondy Viktor Kožený získal díky masivní reklamě slibující do roka jistou desetinásobnou návratnost poplatku 1035 Kč za kupónovou knížku s kolkem přes milión kupónových knížek a kontroloval tak většinu důležitých českých podniků. Fondy neměly nic společného s americkou Harvard University.
V roce 1994 Viktor Kožený opustil Prahu a přesunul se do daňového exilu na Bahamy. V září v roce 1995 získal za poplatek irské občanství.
Obětí podnikání Viktora Koženého se stala mimo jiné i Československá námořní plavba, která v tu dobu měla 18 plavidel. Ačkoliv se její tržby propadly poté, co ztratila politicky vytvořený monopol na dopravu substrátu do Československa, byla to stále zdravá firma, když vstoupila do kuponové privatizace. V roce 1995 se majoritním akcionářem staly harvardské fondy a lodě byly převedeny na dceřiné firmy v zahraniční.
Pravděpodobně proto, aby získal kapitál pro své riskantní obchody v postsovětských středoasijských republikách, Viktor Kožený všechny lodě prodal, a tak komerční námořní plavba pod českou vlajkou zanikla.
V roce 1996 bylo šest Harvardských investičních fondů kuponové privatizace z první vlny spolu s firmou Sklo Union Teplice transformováno na Harvardský průmyslový holding. V lednu 1998 Viktror Kožený koupil Harvardský průmyslový holding ve veřejné obchodní soutěži. Zaplatil za něj dvěma směnkami se splatností do konce roku 1999 ve výši 10,559 miliardy korun.
Nalákal skupinu soukromých investorů k účasti na ázerbájdžánské obdobě české kupónové privatizace, která však skončila krachem. Investoři o vložené prostředky přišli a podezírají Viktora Koženého, že podstatnou část z nich zpronevěřil.
Dva někdejší američtí úředníci souhlasili, že budou svědčit proti svému bývalému zaměstnavateli Viktoru Koženému v ázerbájdžánské úplatkářské aféře. Bývalý agent amerického protidrogového úřadu DEA a analytička ministerstva obrany v dokumentech federálního soudu na Manhattanu přiznali, že Viktor Kožený podplácel ázerbájdžánské prominenty s cílem získat v privatizaci ropnou společnost Socar. Mezi korumpovanými byl podle nich i bývalý ázerbájdžánský prezident Hejdar Alijev.
Český týdeník v únoru 2009 zveřejnil dopis z 24. října 1997, kterým tehdejší šéf poradců českého premiéra Václava Klause Jiří Weigl doporučil Viktora Koženého ázerbájdžánskému prezidentu Hejdaru Alijevovi jako průkopníka privatizačních procesů, jehož zkušenost může být užitečná i pro privatizační projekty v Ázerbájdžánu.
Viktor Kožený je v Česku stíhán kvůli operacím z let 1995 až 1997, při nichž spolu se svým nejbližším spolupracovníkem Borisem Vostrým připravil o majetek akcionáře Harvardského průmyslového holdingu. 14. října 2003 vydal Obvodní soud pro Prahu 4 na oba muže mezinárodní zatykače.
Od roku 2005 usilují o vydání Viktora Koženého Spojené státy americké. V roce 2005 byl Kožený na Bahamách na základě americké žádosti o vydání zadržen. V USA byl s dalšími dvěma muži obviněn z úplatkářství velkého rozsahu, kterého se měli dopustit v Ázerbájdžánu. V dubnu 2007 byl propuštěn z vězení a v říjnu 2007 rozhodl bahamský odvolací soud, že do USA vydán nebude.
V červenci 2007 odmítl tehdejší ministr vnitra Ivan Langer žádost bývalého policejního vyšetřovatele Václava Lásky o zbavení mlčenlivosti, aby mohl v USA vypovídat v kauze Viktora Koženého. Podle mluvčí Aleny Vokráčkové byla důvodem odlišnost právních systémů obou zemí.
V únoru 2008 začal před Městským soudem v Praze proces proti Koženému a proti jeho společníkovi Vostrému, který žije v Belize. Oba jsou stíháni jako uprchlí.
Viktor Kožený a Boris Vostrý byli odsouzeni v nepřítomnosti na 10 let za spoluúčast na zpronevěře majetku za 16 miliard korun během operací v rámci kupónové privatizace v 90. letech 20. století. V rámci náhrady škody má Viktor Kožený zaplatit deset miliard korun a Boris Vostrý 6,5 miliardy.