Václav Mlaý studoval v letech 1969–1976 přípravnou školu pro kněze v Litoměřicích. Na kněze byl vysvěcen v 26. června 1976. V roce 1977 podepsal Chartu 77.
V lednu 1979 byl zbaven státního souhlasu, od 22. května do 22. prosince 1979 byl bez soudu vězněn (obviněn z podvracení republiky).
V letech 1980–1989 pracoval jako topič a zeměměřičský figurant, zároveň však působil tajně jako kněz a podílel se na tvorbě katolického samizdatu. Rok byl mluvčím Charty 77 .Od roku 1988 byl člen Československého helsinského výboru.
V širokou veřejnou známost vešel za sametové revoluce v roce 1989, kdy moderoval velká lidová shromáždění (shromáždění tři čtvrtě milionu lidí na Letenské pláni 25. listopadu nebo několik shromáždění na Václavském náměstí.)
Biskup Václav Malý také podmínečně vysvětil ženatého kněze Jana Kofroně. Papež Benedikt XVI. uděluje výjimky minimálně a nerad. V ČR se tak děje v souvislosti s dědictvím tzv. podzemní církve.
Byl spoluzakladatelem a prvním mluvčím Občanského fóra spolu s Václavem Havlem.
Působil jako kněz v Praze. 1. prosince 1996 byl jmenován kanovníkem Metropolitní kapituly u sv. Víta, 3. prosince jej papež Jan Pavel II. jmenoval titulárním biskupem marcelliánským a pomocným biskupem pražským. Vysvěcen byl 11. ledna 1997. Jeho biskupské heslo zní Pokora a pravda.
V současné době se věnuje své práci v církvi, dále jezdí po zemích, ve kterých se vyskytují političtí vězni. Navštěvuje jejich rodiny a snaží se je psychicky podpořit. Sepisuje petice a nenásilnou formou bojuje proti tamějším režimům. Do této chvíle navštívil: Bělorusko, Moldávii, Kubu, Čínu a Írán.
Roku 1998 mu byl propůjčen Řád T. G. Masaryka III. třídy.