Václav Cílek se narodil 11. května 1955 v Brně. Na střední školu chodil vedle Příbrami ještě v daleké Tanzanii. Poté vystudoval Přírodovědeckou fakultu Univerzity Karlovy – obor geologie. Pracoval v Hornickém a Geologickém ústavu Akademie věd ČR. Od roku 2004 působil i jako ředitel Geologického ústavu Akademie věd, ale v roce 2012 tento post opustil a vrátil se na místo vědeckého pracovníka kvůli osobním zálibám. Na místě ředitele jej vyměnil Pavel Bosák, známý speleolog.
Václav Cílek se poměrně často věnuje publikační činnosti. Vydal přes třicet knih a často publikuje své texty v různých časopisech. Občas také spolupracuje s Českou televizí, například prováděl televizními pořady jako Putování starými cestami, Kameny v české krajině nebo Podzemní Čechy I a II, na nichž se významně podílel jako autor.
Znalosti Václava Cílka byly oceněny několika cenami. Mezi nejvýznamnější patří Cena ministra životního prostředí, kterou obdržel v roce 2006 od Libora Ambrozka. Zkoumal a předpovídal různé mimořádně přírodní jevy a cykly.
V současnosti se tento vědec věnuje i aktuálním problémům, především těm evropským, třeba uprchlické krizi či nárůstu teroristických útoků Václav Cílek tvrdí, že obrovská migrační vlna přinese až miliardu běženců. Podle něj jsou jen jednou z několika hrozeb, které sužují Evropu. Kvůli globálnímu oteplování a vysychání teplejších míst, což je podle něj jeden z hlavních důvodů uprchlické krize, zanedlouho prý bude Evropa k nepoznání. Čímž vyjádřil postoj, který od něj nebyl očekáván a v intelektuálních kruzích si zasloužil kritiku.
Václav Cílek má dvě dcery, jedna z nich, Eliška Cílková, je hudební skladatelka. Sám Václav Cílek se ve své literární tvorbě občas také věnuje hudbě, avšak jen z teoretického hlediska.