Po gymnáziu Michal Lukeš studoval historii a slovakistiku na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Zaměřil se zejména na moderní české dějiny. Absolvoval stáže v Německu, Rakousku, Itálii a v USA.
Do Národního muzea Michal Lukeš nastoupil v roce 1993, pracoval zde jako dokumentátor Oddělení novodobých českých dějin. V letech 1998 až 2001 byl náměstkem šéfa Divadla Bez zábradlí. V roce 2002 ho tehdejší ministr kultury Pavel Dostál jmenoval generálním ředitelem Národního muzea.
Pod vedením Michala Lukeše došlo k opravě zchátralých budov, jako byly např. Národní památník na Vítkově, České muzeum hudby, Národopisné muzeum a k vybudování moderních depozitárních a laboratorních komplexů. Prosadil rekonstrukci Národního muzea na Václavském náměstí.
V dubnu 2019 mu prezident SR Andrej Kiska udělil nejvyšší slovenské vyznamenání pro cizince - Řád bílého dvojkříže II. stupně. V říjnu 2019 Michal Lukeš obdržel od prezidenta Miloše Zemana Medaili Za zásluhy o stát I. stupně (zásluhy o stát v oblasti kultury).
Michal Lukeš je ženatý a má dvě dcery.