Studoval Fakultu žurnalistiky Univerzity Karlovy v Praze a historii a politologii na Filozofické fakultě UK. Pavel Žáček absolvoval John Marschall Fellowship na Center for Russian and East European Studies (CREES) Stanfordovy univerzity v USA.
V průběhu Sametové revoluce 1989 byl Pavel Žáček místopředsedou Studentského tiskového a informačního střediska. V prosinci převratového roku založil a poté dva roky šéfoval Studentské listy.
V roce 1993 začal Pavel Žáček pracovat na Úřadu dokumentace a vyšetřování činnosti Státní bezpečnosti, který se v roce 1995 přeměnil v Úřad dokumentace a vyšetřování zločinů komunismu, kde byl též náměstkem.
Dále Pavel Žáček mj. vyučoval na Fakultě sociálních věd UK a Národohospodářské fakultě Vysoké školy ekonomické, byl poradcem skupiny senátorů pro vznik Ústavu paměti národa.
V listopadu 2006 se Pavel Žáček stal ředitelem odboru Archiv bezpečnostních složek Ministerstva vnitra ČR, v roce 2007 šéfem Archivu bezpečnostních složek a zmocněncem vlády pro zřízení a zabezpečení řádného chodu Ústavu pro studium totalitních režimů, jehož byl prvním ředitelem.
V senátních volbách 2014 se Pavel Žáček pokusil vkročit hned do vysoké politiky. Coby nestraník za ODS postoupil do druhého kola, v němž ho porazil Václav Láska (za Stranu zelených a KDU-ČSL). Podařilo se mu to v parlamentních volbách 2017, v nichž získal poslanecký mandát.
Do voleb 2021 Pavla Žáčka vyslala koalice SPOLU (KDU-ČSL, ODS a TOP 09) křeslo ve Sněmovně obhájit, což se mu podařilo.
Napsal mnoho publicistických textů. Pavel Žáček je autorem řady publikací. Jmenujme např. Boje o minulost (2000), Deset let vyrovnávání se s komunistickou minulostí (2000), Přísně tajné! Státní bezpečnost za normalizace (2001), V čele StB. Pád režimu v záznamech důstojníka tajné policie (2006) či se podílel na Biografickém slovníku náčelníků operativních správ Státní bezpečnosti (2017).