V roce 1998 byl odsouzen Krajským soudem v Plzni k doživotnímu žaláři. Trojice mužů v talárech seznala, že ten, kdo v roce 1993 zavraždil dvanácti výstřely plzeňského podnikatele Štefana Jandu, jeho osobního strážce Juliána Pokoše a těžce zranil dalšího Jandova bodyguarda Vojtěcha Pokoše, byl recidivista Jiří Kajínek. Muž, který měl problémy se zákonem už jako náctiletý, byl poprvé odsouzen v roce 1982 za vloupání do chat. Dále byl souzen za bytové krádeže, nedovolené ozbrojování a ohrožení veřejného činitele.
K Jiřímu Kajínkovi neodmyslitelně patří i jeho časté útěky z věznic. Poprvé utekl v lednu roku 1993. Ředitel věznice mu na dva dny přerušil výkon trestu a Jiří Kajínek se už do vězení nevrátil. O čtyři měsíce později byl chycen za vraždy, kvůli kterým ho odsoudili na doživotí. Kajínek se o útěk pokusil ještě třikrát. Z vazby v Českých Budějovicích uprchl, ale dopaden byl ještě téhož dne. Ve Valdicích se mu nepodařilo ani dostat za zeď.
Legendou se ovšem stal jeho útěk z nejstřeženější české věznice Mírov (za šest set let existence tohoto vězení byl Kajínek jediný, komu se to povedlo). Nejen že překonal mříže, hluboký příkop, několikametrovou zeď s ostnatým drátem a to vše v situaci, kdy mu kolem uší svištěly kulky střílejících strážců, navíc se celý měsíc dokázal před policií skrývat. Nicméně pak ho 8. prosince 2000 zadrželo speciálně cvičené portiteroristické komando URNA v bytě pětinásobného vraha Ludvíka Černého, který si rovněž v Mírově odpykává doživotní trest.
V Česku není snad nikdo, kdo by tohoto nejvíce diskutovaného vězně neznal. Část veřejnosti se dokonce přiklání k jeho nevinně (a je pravda, že jeho příběh dodnes obestírá spousta záhad). Prý se stal obětí komplotu. Roku 2001 se dokonce v Praze konala demonstrace za jeho propuštení. Tři roky provozuje jeho fanklub internetové stránky, kde můžeme najít právní dokumenty jeho případu, ale i číslo bankovního konta na podporu Jiřího Kajínka. Díky své slávě má i několik ctitelek, které mu ve velkém psaly dopisy i do vězení.
Několikrát žádal o obnovení řízení. Všechny návrhy na obnovu řízení byly ale zamítnuty. Nicméně řada expertů opakovaně připustila, že mnohé okolnosti vraždy zůstaly a navždy zůstanou nevyjasněné.
Prezident Miloš Zeman ve čtvrtek 11. května 2017 oznámil, že Jiřímu Kajínkovi udělí milost již ve druhé polovině května. Což též splnil. Na dodržování sedmileté podmínky, která je součástí milosti, musí dohlížel Krajský soud v Plzni, což vyplývá to z trestního řádu. Nejznámější český vězeň strávil za mřížemi 23 let. Věznici Jiří Kajínek opustil 23. května 2017.
O Jiřím Kajínkovi byl i natočen celovečerní film nazvaný Kajínek, který měl premiéru 5. srpna 2010. Režie se ujal Petr Jákl, pro kterého to byl režijní debut. Hlavní role samotného Kajínka se ujal ruský herec Konstantin Lavroněnko. Kajínkovu advokátku Kláru Slámovou ztvárnila Tatiana Vilhelmová.