Pavel Pafko po studiích nastoupil na vojnu do Čáslavi, na leteckou základnu. V roce 1966 nastoupil do Prahy na III. Chirurgickou kliniku FVL UK v Londýnské ulici, v níž strávil celý svůj profesní život a byl zde přednostou. A to i po přestěhování kliniky do FN Motol.
Profesní kariéra Pavla Pafka vedla přes anestezii, traumatologické oddělení v roli sekundáře, atestaci z chirurgie a operativu jícnů a plic. Titul docenta získal po obhajobě práce na téma vstřebávání alkoholu a acylpyrinu po resekci žaludku. V roce 1989 získal titul doktora věd za práci na téma karcinomu jícnu, od roku 1990 je profesorem chirurgie UK.
Na transplantaci plic, kterou v roce 1994 Pavel Pafko jako první na českém území uskutečnil, se připravoval od roku 1994 na zahraničních prvotřídních pracovištích. Pacient žil po operaci dalších sedm let. Medializovaná byla jeho dlouhodobá lékařská péče o oblíbenou herečku Věru Galatíkovou. Rovněž tak péče o prezidenta Václava Havla, jehož plíce nejen operoval, ale staral se o ně až do Havlovy smrti. Pavel Pafko po sté transplantaci zanechal v roce 2010 operační činnosti a v sedmdesáti letech odešel do důchodu.
Od roku 1966 je Pavel Pafko ženatý s manželkou Hanou, která se zabývala výzkumem biologických účinků elektromagnetických polí ve Státním zdravotním ústavu. Mají tři dcery: Barboru, Hanu a Pavlu.