Jan Pokorný se narodil 3. listopadu 1960 v Praze. Po ukončení studia na gymnáziu absolvoval na Karlově univerzitě žurnalistiku. Poté, v roce 1984 začal pracovat jako redaktor zpravodajství v Československém rozhlase. V roce 1986 se stal moderátorem na stanici Praha programu Dobré jitro a po roce 1989 byl už parlamentní zpravodaj ve Federálním shromáždění.
Ač působil v rozhlase, do širšího povědomí se dostal svým pojetím oblíbeného Televizního klubu mladých. Pořad se vysílal v přímém přenosu. Co hosté řekli, dostalo se do éteru. Například host Michael Kocáb ještě za totality prohlásil, že každý národ má takovou vládu, jakou si zaslouží. Jan Pokorný později přiznal, že málem omdlel a měl co dělat, aby situaci zvládl.
Později si Jan Pokorný potrpěl na ranní programy, na stanici Československo také jeden uváděl. Po Sametové revoluci začala jeho spolupráce s Českou televizí, moderoval v ní některé politicky zaměřené pořady. Od roku 2005 do roku 2008 pracoval jako šéfredaktor Radiožurnálu. V roce 2010 odjel do Paříže, kde působil jako zahraniční zpravodaj Českého rozhlasu. Po roce se vrátil a od roku 2012 znovu dělá šéfredaktora.
Po roce stráveném v Paříži stoupla jeho prestiž. Rozhodl se i lámat rekordy. Ten nejslavnější vytvořil s kolegyní Lucií Výbornou na Václavském náměstí, kde napřed v květnu 2013 vedly nepřetržitě devadesát rozhovorů s osobnostmi po dobu dvou dnů, o dva roky později tento rekord zvýšili na sto, to se žádnému jinému Čechovi do té doby nepovedlo. Jan Pokorný také získal v roce 2002 literární cenu Karla Havlíčka Borovského za rok 2001, jejíž součástí je i finanční obnos ve výši padesáti tisíc korun.
2. listopadu 2014 vedl Jan Pokorný Hovor z Lán s prezidentem Milošem Zemanem. Prezident v tomto rozhovoru použil několik vulgárních výroků, Jan Pokorný proto čelil kritice, že se mu nepodařilo v rozhovoru užití takových slov předejít, nereagoval na ně a nepřerušil rozhovor. Sám však na výtky odpověděl, že přece nebude přerušovat rozhovor s prezidentem a že jej na nevhodnost takových výrazů upozorňoval.