Studoval mezinárodní vztahy na univerzitě v Česku a v Anglii. Před vstupem do politiky Jan Lipavský rozvíjel kariéru v soukromém sektoru, např. ve společnostech McKinsey & Company či ZOOT. Postupně se vypracoval do manažerských pozic v oblasti informačních technologií v bankovnictví.
JAN LIPAVSKÝ OZNAČIL PETŘÍČKA ZA POCHEHO LOUTKU
Věnuje se především bezpečnosti a zahraniční politice. Zaměřil se na vznik zákona chránícího strategická odvětví české ekonomiky před ztrátou citlivých dat a know-how. Jan Lipavský také kontroluje činnost českých tajných služeb a zasazuje se o zachování jejich nezávislosti.
Členem České pirátské strany se Jan Lipavský stal roku 2015. V parlamentních volbách 2017 byl zvolen poslancem, a to z pátého místa pražské kandidátní listiny Pirátů. V dolní komoře působil do podzimu 2021.
Posléze se Jan Lipavský stal adeptem na post ministra zahraničních věcí ve vládě Petra Fialy (ODS). Jmenován byl 17. prosince 2021.
Jan Lipavský je ženatý a má dceru.