Plzeňský rodák Marek Ženíšek vystudoval Filozofickou fakultu Západočeské univerzity v Plzni a Fakultu sociálních věd UK v Praze. Jako politolog a pedagog se zabývá politikou z akademické i praktické stránky. Je expertem TOP 09 na zahraniční politiku a přednáší na Filozofické fakultě Západočeské univerzity.
Do politiky Marek Ženíšek vstoupil v roce 2006, kdy se stal zastupitelem ve třetím městském obvodu města Plzeň. Roku 2009 byl členem Přípravného výboru TOP 09. V té době působil na ministerstvu spravedlnosti jako náměstek pro mezinárodní vztahy.
Od začátku roku 2012 Marek Ženíšek zastával post 1. náměstka ministra zdravotnictví Leoše Hegera. Stál u zrodu projektu Reformy psychiatrie v ČR. V souvislosti s nástupem vlády Jiřího Rusnoka k 1. srpnu 2013 na funkci rezignoval, protože si dle svých slov neuměl představit, že by na ministerstvu dále pokračoval, jelikož byl i místopředsedou TOP 09.
Ve volbách 2013 Marek Ženíšek kandidoval v Plzeňském kraji z pozice lídra TOP 09 a byl zvolen poslancem. V letech 2017 a 2021 mandát obhájil.
Marek Ženíšek je ženatý a má syna. Mezi jeho zájmy patří četba, sport a cestování.