Po absolvování VŠ zemědělské Karel Kratochvíle dělal zootechnika. Byl také viceprezidentem Asociace svazu chovatelů koní a roku 2012 získal funkci ředitele Zemského hřebčince v Písku.
Do ČSSD Karel Kratochvíle vstoupil roku 1996. Již dva roky nato zasedl do píseckého zastupitelstva, kde působil do roku 2006 a posléze v letech 2010 až 2014. Mezi roky 2010 až 2018 byl radním města Písek. V komunálních volbách 2018 neuspěl.
Po vysoké politiky se Karel Kratochvíle pokusil vkročit ve volbách 2002. Do Sněmovny za Jihočeský kraj se ale dostal až o necelé dva roky později, a to jako náhradník za poslance Vladimíra Špidlu, který na post rezignoval.
Ve volbách 2006 Karel Kratochvíle poslanecký mandát obhájil a v dolní komoře setrval do roku 2010. Média kritizovala jeho téměř nulovou účast v rozpravách.
V senátních volbách 2014 Karel Kratochvíle kandidoval opět za ČSSD (za obvod č. 12 - Strakonice) a byl zvolen. Ve volbách 2020 se mu mandát obhájit nepodařilo.
Karel Kratochvíle je ženatý a má dva syny.
O SENÁTNÍCH VOLBÁCH 2020 ČTĚTE ZDE>>