Po absolvování Právnické fakulty Univerzity Karlovy v Praze na ní Pavel Šámal získal titul JUDr. a později Ph.D. Působil jako soudce u Okresního soudu v Mostě (1979 až 1982), Krajského soudu v Ústí nad Labem (1982 až 1991) a rok u republikového Nejvyššího soudu, který se záhy transformoval na Vrchní soud v Praze.
PAVEL ŠÁMAL - CO ŘEKL O OBĚTECH KAUZY H-SYSTÉM
Od roku 1993 byl Pavel Šámal soudcem Nejvyššího soudu (členem trestního kolegia a předseda jeho velkého senátu) a též členem komise Ministerstva spravedlnosti ČR pro přípravu rekodifikace trestního zákona a trestního řádu.
V lednu 1995 se Pavel Šámal stal předsedou Nejvyššího soudu, jímž byl do února 2020, kdy jej prezident Miloš Zeman jmenoval soudcem Ústavního soudu.
Pavel Šámal se léta zabývá pedagogickou činností. Začal vyučovat trestní právo na Právnické fakultě Univerzity Karlovy v Praze, externě i na Policejní akademii v Praze a na Justiční akademii v Kroměříži. V roce 2001 se habilitoval na Právnické fakultě Masarykovy univerzity v Brně v oboru trestní právo a v roce 2006 byl jmenován profesorem Právnické fakulty Univerzity Karlovy v Praze pro obor trestní právo, kriminologie a kriminalistika.
V roce 2008 se Pavel Šámal stal Právníkem roku v oboru trestní právo.
Profesor Pavel Šámal je hlavním autorem nového trestního zákoníku z roku 2009, spoluautorem komentářů k trestnímu řádu i k zákonu, k zákonu o soudnictví ve věcech mládeže.
Dále se Pavel Šámal významnou měrou podílel na zásadních publikacích českého právního řádu, jako jsou Alternativní řešení trestních věcí v praxi (2000), Podnikání a ekonomická kriminalita v České republice (2001), Přípravné řízení trestní (1997, 2003) nebo Vzory podání a rozhodnutí v trestních věcech (2005).
Manželka Pavla Šámala Milada se roku 2003 stala soudkyní Nejvyššího soudu.
Podle seznamu zveřejněného na webových stránkách justice.cz byli Pavel a Milada Šámalovi členy KSČ.