Po chemickém učilišti Jiří Janeček dálkově studoval chemickou průmyslovou školu a v roce 1979 odmaturoval. V dálkovém studiu pokračoval na tehdejší Fakultě žurnalistiky Univerzity Karlovy v Praze. Promoval roku 1989.
Zpočátku Jiří Janeček pracoval jako dělník a pomocný dělník. Studia chemie zúročil na pozici výzkumného pracovníka. Od roku 1979 byl kandidátem strany KSČ a v srpnu 1981 byl do strany přijat. Navštěvoval VUML (večerní univerzitu marxismu-leninismu) a údajně patřil mezi elitní komunisty v okrese Tábor.
Na sklonku roku 1989 Jiří Janeček své členství ve straně ukončil a v životopise při kandidatuře na post generálního ředitele České televize pro první funkční období ho vůbec neuvedl, za což byl později kritizován a předseda senátní mediální komise Jiří Oberfalzer ho vyzval k rezignaci.
Od roku 1986 Jiří Janeček pracoval jako redaktor, a později dokonce vedoucí redaktor táborského týdeníku Palcát, který vydával Okresní výbor KSČ. Od revolučního roku 1989 byl zpravodajem Československé televize. Později se dostal k uvádění hlavní zpravodajské relace ČT Události a stal se ředitelem zpravodajství.
V červenci roku 2003 se Jiří Janeček stal generálním ředitelem ČT a v červenci roku 2009 ho Rada ČT zvolila do této funkce na dalších šet let. V červnu dalšího roku mu Rada odsouhlasila jednorázovou odměnu ve výši 700 000 Kč. V následujícím červnu byl nucen na svou pozici rezignovat kvůli rakovině. Oficiálně z této funkce odešel 31. srpna 2011.
Jako generální ředitel České televize Jiří Janeček vydělával kolem 225 tisíc korun měsíčně, čímž se dostal mezi nejlépe placené manažery v ČR. V prosinci roku 2010 kvůli tomu celkem 150 známých osobností (mj. Zdeněk Svěrák či Helena Třeštíková) napsalo společně dopis politikům, který kritizoval ředitelovy velmi vysoké prémie.
Jiří Janeček jako odpověď pohrozil, že na internetu zveřejní výrobní náklady pořadů včetně honorářů zúčastněných. Kvůli penězům si prošel i několika dalšími skandály. Pro Lidové noviny se k tématu vyjádřil takto: „Kdyby si vynásobili můj měsíční plat a manažerské odměny, tak by jim vyšlo, že jen za posledních sedm let jsem vydělal minimálně 14 milionů. A taky je mi 54, takže snad není neobvyklé mít něco našetřeno.“
Na základě nominace hnutím ANO 2011 byl Jiří Janeček Sněmovnou zvolen členem Rady pro rozhlasové a televizní vysílání. Funkce se ujal 25. května 2021.
V letech 1998 až 2006 prožil Jiří Janeček vážný vztah s moderátorkou České televize Ivetou Toušlovou.