Na filmovém plátně se Petr Pelzer poprvé objevil roku 1968 v komedii Objížďka a v přepisu knihy Milana Kundery Žert, kde stěžejní role ztvárnili Josef Somr, Jana Dítětová, Luděk Munzar a Jaroslava Obermaierová. Poté léta dostával menší role, a to jak v televizi (v inscenacích i seriálech), tak ve filmu. Příležitosti zpodobnit vetší postavy přišly až po roce 1989. Kromě vedlejší role ve filmu Svatba upírů (1993) jmenujme velkou úlohy ve filmech Jaromila Jireše Helimadeo (1993) a Učitel tance (1994) s Martinem Dejdarem v hlavní úloze. V televizi se podobně důležitého obsazení dočkal v pohádce Královský slib (2001). Zahrál si v několika epizodách krimi seriálu Policie Modrava (2014) se Soňou Norisovou, Filipem Tomsou a Jaroslavem Satoranským, kteří zpodobnili úlohy vyšetřovatelů. Hlas Petra Pelzere zní v četných rozhlasových inscenacích a propůjčil jej také k dabingu.
Po studiích herectví na JAMU v Brně se prvním působištěm Petra Pelzera stalo Divadlo Maringotka v Praze. Hostoval v Divadle Na zábradlí (ve Hře na Zuzanku). Posléze byl členem olomouckého Divadla O. Stibora (Mercucio v Romeovi a Julii, Martin Kabát v Hrátkách s čertem, Karel IV. v Noci na Karlštejně), dále působil v Divadle Petra Bezruče v Ostravě a ve Státním divadle. V polovině 80.let definitivně přesídlil do Prahy – nejdříve do Městských divadel pražských, kde si zahrál mimo jiné Hardiga v Přeletu nad hnízdem kukačky, Otce v Obchodníkovi s deštěm, Tommyho ve Skleněném zvěřinci.
Roku 1994 se Petr Pelzer stal členem Činohry Národního divadla, kde ztvárnil desítky postav. Jmenujme např. Pana Neděle v Donu Juanovi, Potkana v Čaji u pana senátora, Vincentia ve Zkrocení zlé ženy, Nestora v Troilovi a Kressidě, Stojmíra v Radúzovi a Mahuleně, Vítka ve Věci Makropulos, Kavárníka v Nosorožci, Pavla Koženého v Našich furiantech, Doktora Lombardiho v Sluhovi dvou pánů a Nalejváčka ve Strakonickém dudákovi.
Petr Pelzer zemřel ve věku 76 let v noci ze 4. na 5. července 2017.