Kvůli událostem kolem Sametové revoluce 1989 Marek Benda nedokončil Matematicko-fyzikální fakultu UK. V úspěšném absolvování na Filozofické fakultě téže univerzity mu zabránila pro změnu politická činnost. Dálkově vystudoval až kontroverzní Právnickou fakultu Západočeské univerzity v Plzni.
MAREK BENDA - ROZHOVOR NEJEN O BABIŠOVI
Titul JUDr. sice získal, ale vzhledem k tomu, že se zjistilo, že jeho rigorózní práce nesplňuje počet požadovaných stran, navíc je shodná s magisterskou a obsahuje řadu hrubých pravopisných chyb, tak ho Marek Benda nepoužívá. Brněnský děkan Jiří Zlatuška tehdy prohlásil „že by si zasloužil poslat zpět do základní školy“.
Do politiky Marek Benda vstoupil již 21. listopadu 1989, kdy byl jmenován do Koordinačního stávkového výboru studentů. Rok nato spoluzakládal Křesťanskou demokratickou stranu, jejímž předsedou byl jeho otec, disident Václav Benda.
Poslancem se Marek Benda poprvé stal v únoru 1990. Posléze mandát opakovaně obhájil až na volby 2002, kdy zvolen nebyl. Do Sněmovny se ale vrátil v červenci 2004 jako náhradník. Úspěšný byl ve volbách 2006 (již jako člen ODS) i v těch následujících, tedy roku 2010.
V předčasných volbách 2013, po pádu vlády Petra Nečase, se Marek Benda díky preferenčním hlasům do dolní komory opět dostal. V listopadu 2013 se stal předsedou mandátového a imunitního výboru. Na post krátce nato rezignoval, aby uvolnil místo volební lídryni strany Miroslavě Němcové, která nebyla zvolena místopředsedkyní Sněmovny.
Díky 6183 preferenčním hlasům Marek Benda uspěl i ve volbách 2017 a stal se tak do té doby nejdéle sloužícím poslancem v historii ČR. Do voleb 2021 jej vyslala koalice SPOLU (KDU-ČSL, ODS a TOP 09), a to z třetího místa své pražské kandidátní listiny. Opět křeslo v polní komoře obhájil.
Za pozornost stojí Markem Bendou předložený tzv. náhubkový zákon, který měl zakázat zveřejňování informací z policejních odposlechů bez souhlasu odposlouchávané osoby. Sněmovnou prošel, ale díky kritice se strany šéfů nejsilnějších českých médií ho Senát odmítl schválit. Zákon posléze sice Sněmovnou prošel, ale v roce 2011 byl zmírněn.
Marek Benda je od roku 1997 ženatý. S manželkou Markétou mají čtyři děti: Johanu, Jonáše, Apolenu a Amálii.