Vladimír Michálek má cenu za rok 1998 za film Je třeba zabít Sekala. Tento koprodukční snímek, na němž se podílelo Polsko, Slovensko a Francie, získal hned deset Českých lvů. Reprezentoval Česko v zahraniční kategorii filmů nominovaných tehdy na Oscara.
Okupačnímu dramatu o Sekalovi předcházely dva jiné celovečerní filmy Vladimíra Michálka, oba ceněné. Jako II. režisér se v roce 1990 Vladimír Michálek podílel na kultovním filmu Kouř režiséra Tomáše Vorla a souboru Sklep.
Prvním vlastním filmem Vladimíra Michálka byla v roce 1994 Amerika (hlavní role ztvárnili Martin Dejdar, Jiří Schmitzer a Jiří Lábus), při níž tvůrci vyšli z motivů pražského německého spisovatele Franze Kafky. Vladimír Michálek Ameriku natočil krátce po absolvování FAMU.
V roce 1996 vznikl film Zapomenuté světlo, podle knihy esejů českého katolického básníka a spisovatele Jakuba Demla. V roce 2001 měl premiéru film Babí léto, v němž se Vladimír Michálek věnoval smyslu života seniorů. O rok dříve podle textů Jáchyma Topola natočil Vladimír Michálek snímek Anděl Exit.
Mladoboleslavský rodák v koprodukci České a Slovenské televize režíroval v roce 2003 seriál Záchranáři, který pojednával o horské službě. Dalším seriálem bylo Okno do hřbitova podle povídek Miloslava Švandrlíka. V roce 2014 vznikl milostný Pohádkář s Jiřím Macháčkem, Aňou Geislerovou a Evou Herzigovou.
Diváci televize HBO znají thrillerový seriál Mamon, jeho první série měla premiéru v roce 2015. I ten získal Českého lva v kategorii nejlepší dramatický seriál. Na září 2015 byla avizována premiéra filmu Prázdniny v Provence, na němž Vladimír Michálek pracoval v česko-francouzské koprodukci. Premiéra se bez vysvětlení v roce 2015 nekonala, byla patrně odsunuta, ač film v Provence vznikal a účinkovali v něm oblíbení herci. Stačí jmenovat Kryštofa Hádka, Vojtěcha Kotka, Chantal Poullain, Jakuba Prachaře.
Vladimír Michálek má tři syny a říká, že se musí ohánět, tudíž se nechává najímat i na reklamy.