Po střední průmyslové škole stavební v rodném Chebu absolvoval Marek Němec katedru činoherního divadla DAMU, kde jej vyučovali pedagogové jako Jana Hlaváčová, Svatopluk Skopal, Petr Kostka a Jan Šťastný.
Poté Marek Němec přijal stálé angažmá v Činoherním studiu v Ústí nad Labem, kde se pustil i do režie (Utrpení mladého Werthera). Od roku 2010 je na volné noze. Kromě Činoherního studia spolupracoval s dalšími scénami, a to s Divadlem v Celetné, Divadlem v Dlouhé a především se studiem Kašpar. Zde jej diváci mohli vidět v představeních Sirotci, Othello, Běsi, Richard III., Mikulášovy patálie, Mikulášovy prázdniny či Krása a půvab perverzit. Roku 2011 byl nominován na Cenu Alfréda Radoka za roli Mesy v inscenaci Polední úděl v režii Hany Burešové.
Kromě divadla Marek Němec ztvárnil řadu rolí v televizi a filmu. Poprvé se před kamerou objevil ve snímku Jak ukrást Dagmaru. Zahrál si také v řadě seriálů, jako jsou Zdivočelá země, Ordinace v růžové zahradě, Expozitura a její volné pokračování Atentát, v nichž ztvárnil novináře, dále pak Vraždy v kruhu či Jetelín. Jednu z ústředních postav zpodobnil v psychologickém dramatu Jako nikdy (2013) společně s Petrou Špalkovou, Taťjanou Medveckou a Jiřím Schmitzerem. Zahrál si trpaslíka v humorné vánoční pohádce Pravý rytíř (2016). Výraznou roli dostal v dramatu o svobodné matce procházející krizí v podání Jany Plodkové Absence blízkosti (2017).
V televizi Marek Němec opakovaně moderoval slavnostní večer - předávání Cen Alfréda Radoka a také oblíbený pořad pro děti Studio kamarád - Kabaret z maringotky. Začal také vyučovat herectví na své alma mater, katedře činoherního divadla na DAMU.
Volný čas Marek Němec rád tráví na kole, s knihou a poslechem klasické hudby.