Dle scénáře Jana Otčenáška ml. Marek Najbrt natočil třináctidílný historický životopisný seriál Já, Mattoni s Aloisem Švehlíkem a Davidem Švehlíkem v hlavních rolích. Mattoniho ztvárnili tři herci ve třech fázích jeho života. Nejstaršího Mattoniho původně hrál Jiří Bartoška, který ale po začátku natáčení onemocněl rakovinou.
Režijním debutem filmové tvorby Marka Najbrta byl snímek Mistři (2004), kam obsadil Jana Budaře, Kláru Melíškovou, Jiřího Ornesta, Josefa Poláška, Leoše Nohu či Tomáše Matonohu. Dále natočil válečné romantické drama Protektor (2009). V něm ústřední postavu ztvárnila Jana Plodková.
Počinem Marka Najbrta byl také Polski film (2012), kde režíroval podobnou sestavu jako v již zmíněných snímcích. Podílel se také na úspěšném seriálu v produkci HBO Terapie a na jeho pokračování.
Kromě režie se absolvent Fakulty sociálních věd UK a katedry dokumentární tvorby na pražské FAMU Marek Najbrt uplatnil i jako spoluscénárista (Mistři, Projektor) a také herec (Pražská 5 Tomáše Vorla st., Knoflíkáři Petra Zelenky či Čert ví proč Romana Vávry).
Protektor získal hned sedm Českých lvů; pro Marka Najbrta osobně to byli hnad dva – za režii a spoluatorství na scénáři. Snímek zabodoval i na zahraničních festivalech a dostal se do distribuce USA a dalších zemí. Českého lva Marek Najbrt dostal také za seriál Svět pod hlavou.